Компьютерное моделирование взаимодействия лекарство-рецептор
В ИБХ у Ефремова занимаются именно этим.
Могу узнать контакты парней из его группы. Думаю они будут очень даже не против провести за небольшой гешефт мастер-класс.
Могу узнать контакты парней из его группы. Думаю они будут очень даже не против провести за небольшой гешефт мастер-класс.
Спасибо, это было бы замечательно.
если вам нужен докинг, то это не совсем по их душу. Ищите специалистов именно по докингу.
просто взаимодействие молдинамику вам может рассказать тысяча человек ( и ефремовская, и шайтановская, и наша лабы а докинг - это несколько иная тема. Это очень-очень приблизительный ОТНОСИТЕЛЬНЫЙ расчет силы взаимодействия между большим количеством низкомол-ых лигандов и рецептором.
Основное отличие: молдинамика расчитана на адекватное приближение, а докинг на перебор большого числа молекул (адекватность оочень понижена).
Основное отличие: молдинамика расчитана на адекватное приближение, а докинг на перебор большого числа молекул (адекватность оочень понижена).
а этот перебор дал сильные результаты в каком-то случае? на чём?
Ну берут рецептор. К нему нужен лиганд. Беруд 100000 мелких молекул и начинают проводить по определенной траектории под разными углами к активному центру фермента, на каждом шагу измеряя энергию системы. То есть по сути это даже не молдинамика, а молмеханика (энтропийные факторы, соответственно не учитываются ВООБЩЕ). Ну и исходя из цифр вычисляют что-то типа "дельта-же" (это вообще не дельта-же, а просто цифра, которую можно сравнивать). Ну и находят среди 100000 молекул те, которые круто взаимодействуют. Проверяют их биохимически - и ОПА - новое лекарство.
взаимодействия лекарственных препаратов с соответствующими рецепторами
Да, нужен специалист именно по докингу. Те аспиранты, насколько я понимаю, фармакологи/биохимики, занимаются как раз поиском лекарств. А что, на химфаке докингом не занимаются? А у Ефремова?
боюсь и докинг, и молмеханика/динамика в своем принципе не расчитаны на адекватное приближение.
Когда я был у Ефремова на практике именно докингом они не занимались. Хотя софт у них, вроде есть. Прежде чем заниматься докингом, нужно собрать рецептор и оптимизировать - это в любом случае MD.
2IPolyacov - нам ваш Ермилов говорил, что для крупных систем MM дает лучшее приближение чем QM, даже если задать хороший базис. В MM уже внесены эмпирические параметры, подобранные по эксперименту. QM все считает с нуля и добиться соответствия для крупной системы ИМХО сложнее. Ну и по времени - просто нереально считать.
2IPolyacov - нам ваш Ермилов говорил, что для крупных систем MM дает лучшее приближение чем QM, даже если задать хороший базис. В MM уже внесены эмпирические параметры, подобранные по эксперименту. QM все считает с нуля и добиться соответствия для крупной системы ИМХО сложнее. Ну и по времени - просто нереально считать.
Жесть. ММ не считает реакций в принципе, не считает возбужденных состояний и дофига реально полезных вещей, так что как приближение оно в принципе не может быть лучше ab initio методов. Эмпирические параметры в ММ обычно параметризуются под потенциалы, полученые, через QM, так что как они могут быть лучше мягко говоря не очень понятно. Ну а смотря что нереально считать. есть же гибридные методы км/мм- там даже белки можно считать.
ММ\МД не считает РЕАКЦИЙ - да, не считает. Но топикстартер обозначил вполне определенный круг задач: лиганд-рецепторные взаимодействия. Здесь реакции не нужны.
Здесь, окромя стандартного набора взаимодействий, нужен учет энтропии и Н-связей. С Н-связями у молдинамики по-разному. Это зависит от реализации. Обычно они уделяют этому внимание и не апроксимируют Н-связь простой электростатикой (что совершенно по сути недопустимо).
ЗЫ. А вот поведение возбужденной молекулы МД посчитать может. Только для возбужденной молекулы нужно строить другую топологию, нежели чем для основного состояния.
Здесь, окромя стандартного набора взаимодействий, нужен учет энтропии и Н-связей. С Н-связями у молдинамики по-разному. Это зависит от реализации. Обычно они уделяют этому внимание и не апроксимируют Н-связь простой электростатикой (что совершенно по сути недопустимо).
ЗЫ. А вот поведение возбужденной молекулы МД посчитать может. Только для возбужденной молекулы нужно строить другую топологию, нежели чем для основного состояния.
Что касается гибридных методов - то они необходимы для расчета белок-связанных низкомолекулярных кофакторов (обычно) или реакции в активном центре. И время расчета все равно несравнимое. Какой-нибудь флавино-содержащий белок если считать QMMM и флавиновый кофактор в приличном базисе с DFT тоже будет дайбоже считаться. С МД не сравнить.
И да относительно эмпирических потенциалов. Не все параметризуются исходя из QM. Ван-дер-ваальсовы взаимодействия чаще всего параметризуются из эксперимента. А от жесткостей часто добиваются, чтобы ММ-модель отображала ИК-спектр молекулы (расчетный или экспериментальный).
krokodil1
Мой хороший знакомый попросил узнать, может ли кто-нибудь за разумные деньги в начале декабря провести несколько мастер-классов по основам компьютерного моделирования взаимодействия лекарственных препаратов с соответствующими рецепторами для небольшой группы аспирантов (2-3 человека) из других вузов. Интересуют, в основном, такие сведения: каких классиков почитать для начала, в какой программе лучше всего обсчитывать, какие параметры нужно извлекать из расчетов. Желательно продемонстрировать всё это на паре-тройке примеров.Насколько я знаю, у Зефирова таким моделированием занимаются?